Raw code | Youtube demonstration
Note: this is NOT SECURE ENCRYPTION. It is fun to watch and play with, but it is NOT SECURE.

#!/usr/bin/env php
<?php 
$doSubstitution = true;

function resetSpeed() {
    global $speed, $speedslowfactor, $speedmin;
    $speed = 400;
    $speedslowfactor = 1.1;
    $speedmin = 10;
}
resetSpeed();

$encrypt = true;
echo "Encrypt (enter E) or decrypt (enter D)? ";
$encryptInput = stream_get_line(STDIN, 1024, PHP_EOL);
if ($encryptInput == 'd' || $encryptInput == 'D') {
    $encrypt = false;
}

echo "Input password, end with enter. Press Ctrl+D to abort.\n";
$password = stream_get_line(STDIN, 1024, PHP_EOL);
if (!$password) {
    die("Ctrl+D - exiting\n");
}

echo "Input message, end with enter. Press Ctrl+D to abort.\n";
$message = stream_get_line(STDIN, 1024, PHP_EOL);
if (!$message) {
    die("Ctrl+D - exiting\n");
}

$closestSquare = ceil(sqrt(strlen($message)));
$padding = '';
for ($i = 0; $i < pow($closestSquare, 2) - strlen($message) - 1; $i++) {
    $padding .= chr(rand(32, 126));
}
if (strlen($padding) > 0) {
    $padding = ' ' . $padding;
}
$message .= $padding;

if ($encrypt) {
    echo "Starting encryption. Our square is:\n";
    displaySquare($message, $closestSquare);
    echo "Expanding password... ";
    $password = keyExpansion($password);
    echo "New password: $password\n";

    if ($doSubstitution) {
        echo "Applying password to each character...\n";
        for ($i = 0; $i < strlen($message); $i++) {
            $passindex = $i % strlen($password);
            $passchar = $password[$passindex];
            $newchar = chr((((ord($message[$i]) - 32) + (ord($passchar) - 32) + $i) % 95) + 32);
            echo "Char $i (" . $message[$i] . ', #' . (ord($message[$i]) - 32) . ") plus password char $passindex ($passchar, #" . (ord($passchar) - 32) . ") plus position $i results in $newchar (#" . (ord($newchar) - 32) . ")\n";
            $message[$i] = $newchar;
            displaySquare($message, $closestSquare);
        }
        resetSpeed();
        echo "Done applying character substitution. Now let's shift our square around!\n";
    }
    else {
        echo "Skipping substitution as requested...\n";
    }

    $sq = strToSq($message, $closestSquare);
    for ($i = 0; $i < strlen($password) - 1; $i += 2) {
        $passchars = $password[$i] . $password[$i + 1];
        $passvalue = (ord($password[$i]) - 32) * 96 + ord($password[$i + 1]) - 32;
        $dir        = $passvalue & bindec('000000000001');
        $horizshift = $passvalue & bindec('000000000010') >> 1;
        $row        = $passvalue & bindec('000001111100') >> 2;
        $amount     = $passvalue & bindec('111110000000') >> 7;
        $amount    += $i;
        $row       %= $closestSquare;
        $dir        = $dir > 0 ? 1 : -1;
        $horizshift = $horizshift > 0;
        $amount    %= $closestSquare;
        $amount    *= $dir;
        $rowcol     = $horizshift ? 'row' : 'column';
        echo "Password chars $i and " . ($i + 1) .  " ($passchars) make #" . ($passvalue - 32) . " which give us $rowcol $row.\nWe will shift $amount times.\n";
        if ($horizshift) {
            $original = $sq[$row];
            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $index = ($j + $amount) % $closestSquare;
                if ($index < 0) {
                    $index += $closestSquare;
                }
                $sq[$row][$j] = $original[$index];
            }
        }
        else {
            $original = [];
            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $original[] = $sq[$j][$row];
            }

            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $index = ($j + $amount) % $closestSquare;
                if ($index < 0) {
                    $index += $closestSquare;
                }
                $sq[$j][$row] = $original[$index];
            }
        }
        displaySquare2($sq);
    }

    echo "All done!\n";
    echo "Result: ";
    for ($x = 0; $x < $closestSquare; $x++) {
        for ($y = 0; $y < $closestSquare; $y++) {
            echo $sq[$y][$x];
        }
    }
    echo "\n";
}
else {
    echo "Starting decryption. Our square is:\n";
    $sq = strToSqRev($message, $closestSquare);
    displaySquare2($sq);

    $originalPassword = $password; // We need this later for substitution
    $password = keyExpansion($password);
    echo "Expanding password... new password: $password\n";

    $actionqueue = [];
    for ($i = 0; $i < strlen($password) - 1; $i += 2) {
        $passchars = $password[$i] . $password[$i + 1];
        $passvalue = (ord($password[$i]) - 32) * 96 + ord($password[$i + 1]) - 32;
        $dir        = $passvalue & bindec('000000000001');
        $horizshift = $passvalue & bindec('000000000010') >> 1;
        $row        = $passvalue & bindec('000001111100') >> 2;
        $amount     = $passvalue & bindec('111110000000') >> 7;
        $amount    += $i;
        $row       %= $closestSquare;
        $dir        = $dir > 0 ? 1 : -1;
        $amount    %= $closestSquare;
        $amount    *= $dir;
        $actionqueue[] = [-$amount, $horizshift, $row, $dir, $passchars, $passvalue];
    }

    $actionqueue = array_reverse($actionqueue);

    $i = 0;
    foreach ($actionqueue as $action) {
        $amount = $action[0];
        $horizshift = $action[1];
        $row = $action[2];
        $dir = $action[3];
        $passchars = $action[4];
        $passvalue = $action[5];
        $horizshift = $horizshift > 0 ? true : false;
        $rowcol = $horizshift ? 'row' : 'column';
        echo "Password chars $i and " . ($i + 1) .  " ($passchars) make #" . ($passvalue - 32) . " which give us $rowcol $row.\nWe will shift $amount times.\n";
        $i++;
        if ($dir > 0) {
            $original = $sq[$row];
            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $index = ($j + $amount) % $closestSquare;
                if ($index < 0) {
                    $index += $closestSquare;
                }
                $sq[$row][$j] = $original[$index];
            }
        }
        else {
            $original = [];
            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $original[] = $sq[$j][$row];
            }

            for ($j = 0; $j < $closestSquare; $j++) {
                $index = ($j + $amount) % $closestSquare;
                if ($index < 0) {
                    $index += $closestSquare;
                }
                $sq[$j][$row] = $original[$index];
            }
        }
        displaySquare2($sq);
    }

    $message = '';
    foreach ($sq as $y) {
        $message .= implode('', $y);
    }

    if ($doSubstitution) {
        resetSpeed();
        echo "Done shifting things around. Now reversing character substitution...\n";

        // Apply substitution
        for ($i = 0; $i < strlen($message); $i++) {
            $passindex = $i % strlen($password);
            $passchar = $password[$passindex];
            $newchar = chr(mod(((ord($message[$i]) - 32) - (ord($passchar) - 32) - $i), 95) + 32);
            echo "Char $i (" . $message[$i] . ', #' . (ord($message[$i]) - 32) . ") minus password char $passindex ($passchar, #" . (ord($passchar) - 32) . ") minus position $i results in $newchar (#" . (ord($newchar) - 32) . ")\n";
            $message[$i] = $newchar;
            displaySquare($message, $closestSquare);
        }
    }
    else {
        echo "Skipping substitution as requested\n";
    }

    // Done!
    echo "Done! Result: $message\n";
    echo "(Note that the last few characters are probably garbage.)\n";
}

function mod($n, $m) {
    $n = $n % $m;
    if ($n > 0)
        return $n;

    return ($n + abs($m)) % $m;
}

// Same as strToSq() except this reverts the x and y axis
function strToSqRev($str, $size) {
    $sq = [];
    for ($x = 0; $x < $size; $x++) {
        $tmpstr = substr($str, $x * $size, $size);
        for ($y = 0; $y < strlen($tmpstr); $y++) {
            if (!isset($sq[$y])) {
                $sq[$y] = [];
            }
            $sq[$y][$x] = $tmpstr[$y];
        }
    }
    return $sq;
}

function strToSq($str, $size) {
    $sq = [];
    for ($y = 0; $y < $size; $y++) {
        $tmpstr = substr($str, $y * $size, $size);
        $sq[$y] = [];
        for ($x = 0; $x < strlen($tmpstr); $x++) {
            $sq[$y][$x] = $tmpstr[$x];
        }
    }
    return $sq;
}

function displaySquare($message, $size) {
    global $speed, $speedslowfactor, $speedmin;
    $outstr = '';
    for ($y = 0; $y < $size; $y++) {
        $str = substr($message, $y * $size, $size);
        for ($i = 0; $i < strlen($str); $i++) {
            $outstr .= $str[$i] . ' ';
        }
        $outstr .= "\n";
    }
    echo $outstr . "\n";
    usleep($speed * 1000);
    $speed = max($speedmin, $speed / $speedslowfactor);
}

function displaySquare2($sq) {
    global $speed, $speedslowfactor, $speedmin;
    $outstr = '';
    foreach ($sq as $y) {
        foreach ($y as $x) {
            $outstr .= $x . ' ';
        }
        $outstr .= "\n";
    }
    echo $outstr . "\n";
    usleep($speed * 1000);
    $speed = max($speedmin, $speed / $speedslowfactor);
}

function keyExpansion($password) {
    $password .= $password;
    $originalPassword = $password;
    $i = ord($password[0]) + 1;
    while (strlen($originalPassword) > 1) {
        $password .= str_repeat($originalPassword . chr(($i % 95) + 32), strlen($originalPassword));
        $originalPassword = substr($originalPassword, 1);
        $i++;
    }
    $a = 43690;
    for ($i = 0; $i < strlen($password) - 1; $i++) {
        $password[$i] = chr((((ord($password[$i]) ^ $a) + $i) % 95) + 32);
        if ($a == 43690) {
            $a = 21845;
        }
        else {
            $a = 43690;
        }
    }
    return $password;
}